Przygotowywana reforma administracyjna od początku budziła bardzo wiele sporów i emocji dotyczących przede wszystkim liczby nowych województw – w grę wchodziło 12, 17, a nawet 25 regionów. Jeszcze w marcu 1998 roku rządowy projekt nowego podziału administracyjnego kraju przewidywał utworzenie 12 dużych województw. Ostatecznie uzgodniono stworzenie 16 regionów.Największymi przeciwnikami zmian w podziale administracyjnym i całej reformie było PSL domagające się utrzymania dotychczasowego podziału na 49 województw i będące w związku z tym przeciwne przywracaniu powiatów.
Przeciwnicy reformy podnosili wówczas argumenty iż zmniejszenie liczby województw i przyznanie im dodatkowej władzy może doprowadzić do przekształcenia ustroju Rzeczpospolitej w federalny i spowodować utratę kontroli nad zachodnimi województwami po wejściu Polski do UE.
